Nie ma leczenie dla zgnilizna dyniowatych. Fungicydy (nasiona leczenie i dolistne) okazały się nieskuteczne w leczeniu tej choroby. Sugeruje się rotację na uprawę nieżywicielską przez 3 lata; jednak praktyczność i skuteczność tej metody jest wątpliwa z kilku powodów.