Zmniejszenie ilości wody to najskuteczniejszy sposób zarządzania lub zapobiec gniciu kadłuba w orzechy, ale można też spróbować fungicydów i sadzić odmiany migdałów, które mają pewną odporność. Należą do nich Monterey, Carmel i Fritz. Odmiany migdałów najbardziej podatne na zgnilizna kadłuba są Nonpareil, Winters i Butte.